منذ عام 2013، وعقب الهجمة الأمنية الشرسة داخل مصر واستهدافها إقليمياً، تعاني الجماعة من صعوبة إجراء الانتخابات في الداخل والخارج، رغم الحاجة الماسة لتجديد هياكلها الإدارية بسبب تغييب العديد من قيادتها وكوادرها موتاً أو بالمعتقلات، ما خلق أزمات عديدة.
