وبحسب التقرير، فإن الانتهاكات مقسّمة ما بين 3 حالات قتل (من بينهم طفل عمره 9 سنوات في شمال سيناء قُتِل بسبب رصاصة طائشة)، و7 حالات وفاة في مكان الاحتجاز، و34 حالة تكدير (تعذيب) فردي، و19 حالة تكدير (تعذيب) جماعي، و15 حالة تعذيب جماعي، و45 حالة إهمال طبي في أماكن الاحتجاز، و129 حالة اختفاء قسري، و33 حالة عنف من قبل الدولة.
وأشار التقرير إلى ظهور 335 مواطناً في النيابة وأقسام الشرطة بعد فترات متباينة من الاختفاء القسري. والمتوفون في أماكن الاحتجاز هم: محمود عبد المجيد محمود صالح، وقد توفي في سجن العقرب نتيجة البرد والتجويع. وعلاء الدين السيد، الذي توفي في سجن برج العرب من دون معرفة السبب. ومحمود محمد، الذي توفي في قسم شرطة الأقصر من دون معرفة السبب. ومصطفى قاسم الذي توفي في مستشفى ليمان طرة بسبب الإهمال الطبي. وعاطف النقرتي وقد توفي في قسم شرطة القرين بالشرقية نتيجة الإهمال الطبي، وصبري الهادي متولي، الذي توفي في مركز شرطة فاقوس بالشرقية، نتيجة الإهمال الطبي، إضافة إلى شوقي محمد موسى الذي توفي في سجن الأبعادية في دمنهور (محافظة البحيرة) نتيجة الإهمال الطبي.
وعن حالات التكدير الفردي، يقول إن عددها 34، وكلها في سجون العقرب وبرج العرب، شديد الحراسة 2 واستقبال طرة والمنيا. وشملت أشكال التكدير: الحجز الانفرادي، والحجز خلال التأديب، والحرمان من الكتب والصحف واستلام الرسائل من الأسرة، والحرمان من الزيارة، والحرمان من أدوات النظافة، وإحراق الملابس والأغطية، والحرمان من الأغطية والملابس الثقيلة، والتجويع، والإبعاد عن مقر سكن الأسر، والنوم على الأرض والحرمان من الفرش، والتجريد المستمر للزنزانة، والمنع من التريض، والحرمان من استخدام الماء الساخن المتوفر في السجن.
واتخذت السلطات أساليب التعذيب الفردي بحق 19 حالة، منها 10 حالات في السجون (العقرب، شديد الحراسة 2 والقناطر وبنها العمومي)، فضلاً عن ست حالات تعذيب خلال الاختفاء، و3 حالات تعذيب خلال الاعتقال. وشملت أشكال التكدير: الصعق والتعليق والكهرباء، والضرب أثناء الاعتقال، والإجبار على الزحف على الأرض، والتهديد بالاغتصاب، والإجبار على تنظيف مراحيض السجن على الرغم من تدهور الحالة الصحية.
أما التكدير أو التعذيب الجماعي، وعدده 15 حالة كلها في السجون (العقرب، شديد الحراسة 2، ملحق مزرعة طرة، القناطر، بنها العموم، الزقازيق العموم، ليمان المنيا)، شمل: تجريد دوري للزنازين من الملابس والبطانيات وحرقها أمام أعينهم، ومنع الأهل من إدخال الملابس والطعام للمعتقلين أثناء الزيارات، وتقليل وقت الزيارة لخمس دقائق، ووضع مخبر أو عسكري إلى جانب كل معتقل أثناء الزيارة، وقص شعر جميع المعتقلين السياسيين بشكل إجباري على الرغم من البرد القارس، والتعنت في إدخال البطانيات والملابس والأدوية للمعتقلين، وحرمانهم من الطعام أثناء الزيارات والتجويع والحرمان من النوم، والحرمان من الملابس والأغطية والعلاج وأدوات النظافة، واستقبال المعتقلين بالضرب بالهراوات وإجبارهم على خلع ملابسهم وحلاقة شعرهم، ووضع أعداد كبيرة في غرفة لا تصلح للاستخدام الآدمي، والمنع من التريض وتهوئة الغرف، ما أدى إلى انتشار الأمراض، خصوصاً الجلدية.
وهناك "التشريدة"، أي أخذ السجينة من عنبرها، بعد أخذ متعلقاتها الشخصية منها، ووضعها في عنبر آخر، حيث تجبر على قضاء اليوم في المرحاض، والنوم فيه، إلى أن يأمر رئيس الشرطة بعودتها إلى زنزانتها، ما قد يستغرق مدة وصلت في حالة إحدى السجينات إلى 12 يوماً. و"التجريدة" هي أن تسلب السجينة من جميع ملابسها ومتعلقاتها الشخصية وحرقها، عقاباً على مخالفتها قواعد السجن، والتهديد بالتعذيب لفك الإضراب عن الطعام. أما الاعتداء بالضرب وخلع الملابس فهي "التشريفة"، والحجز في مكان يسمى "العمبوكة"؛ حيث يبدأ التعذيب فيها بالكهرباء ثم مسح الوجوه بالبراز ووضعه في الأفواه. ويقول رئيس المباحث في السجن محمد شاهي لـ "العربي الجديد": "اللي لسه صوته طالع من المضربين يبقى لسه عايش، ولما يقطع النفس خالص نبقى نعالجه". ويرد المعتقلون: "قريب إن شاء الله هترتاح من الذل ده لما أهالينا يستلموا جثثنا". يضاف إلى ما سبق جانب السماح بإدخال طعام ثم التراجع عن التصريح ورميه، واعتداء ضباط المصلحة ومعهم قوات خاصة وكلاب بوليسية داخل عنابر العزل لإجبار المضربين على فك الإضراب عن الطعام والتجويع والتعطيش.
وعن الإهمال الطبي، رصد التقرير استغاثة 45 معتقلاً بسبب الإهمال الطبي، توفي منهم أربعة معتقلين نتيجة الحرمان من الرعاية الطبية، فضلاً عن 6 استغاثات جماعية نتيجة الإصابة بالدرن والأمراض الجلدية.
وصدرت استغاثات من 7 سجون (سجن العقرب واستقبال طره وليمان طره وشديد الحراسة 2 وطرة تحقيق، وسجن القناطر، وسجن برج العرب، وسجن جمصه)، وثلاثة أقسام شرطة (قسم شرطة بلبيس والقرين وفاقوس وكلها بالشرقية).